2010年度 先端技術科学教育部 環境創生工学専攻 生命テクノサイエンスコース 博士前期課程 — [選択]

細胞生理学特論

Advamced Cell Physiology

教授・中村 嘉利

2単位

形態

ポートフォーリオ

目的

立体構造解析されたタンパク質を詳細に分析,観察できるviewerプログラムをマスターする.

概要

プログラムとしてPyMolとCootを取り上げ,これらの使用法とどのような分析,観察が可能か解説する.授業の形式はポートフォーリオ形式とする.

キーワード

タンパク質立体構造,プロテインデータバンク,パイモル,クート

要件

必要な場合はノート型パソコンを用意すること(Windows が望ましい).

目標

1.タンパク質の座標ファイルを利用·編集できる.レポートで評価
2.viewerプログラムをマスターする.レポートで評価

計画

1.プロテインデータバンクと座標ファイル
2.プログラムのインストール
3.マウスコントロール
4.コマンドライン入力
5.コマンドの構文
6.原子セレクト
7.レイトレーシングとステレオ図
8.動画
9.チュートリアル 1:基礎
10.チュートリアル 2:応用
11.チュートリアル 3:スクリプトの例
12.演習 1:PDBファイルの編集
13.演習 2:構造比較
14.演習 3:DALIサーバー
15.演習 4:WHAT IFサーバー

評価

最後に提出するレポートで評価する(100%).

対象学生

開講コース学生のみ履修可能

教科書

授業中に紹介する

参考資料

授業中に紹介する

連絡先

生物事務室(M棟703)