細胞生理学特論
Advamced Cell Physiology
教授・中村 嘉利
2単位
形態
ポートフォーリオ
目的
立体構造解析されたタンパク質を詳細に分析，観察できるviewerプログラムをマスターする．
概要
プログラムとしてPyMolとCootを取り上げ，これらの使用法とどのような分析，観察が可能か解説する．授業の形式はポートフォーリオ形式とする．
キーワード
タンパク質立体構造，プロテインデータバンク，パイモル，クート
関連科目
要件
必要な場合はノート型パソコンを用意すること(Windows が望ましい)．
目標
| 1. | タンパク質の座標ファイルを利用·編集できる．レポートで評価 |
| 2. | viewerプログラムをマスターする．レポートで評価 |
計画
| 1. | プロテインデータバンクと座標ファイル |
| 2. | プログラムのインストール |
| 3. | マウスコントロール |
| 4. | コマンドライン入力 |
| 5. | コマンドの構文 |
| 6. | 原子セレクト |
| 7. | レイトレーシングとステレオ図 |
| 8. | 動画 |
| 9. | チュートリアル 1:基礎 |
| 10. | チュートリアル 2:応用 |
| 11. | チュートリアル 3:スクリプトの例 |
| 12. | 演習 1:PDBファイルの編集 |
| 13. | 演習 2:構造比較 |
| 14. | 演習 3:DALIサーバー |
| 15. | 演習 4:WHAT IFサーバー |
評価
最後に提出するレポートで評価する(100%)．
対象学生
開講コース学生のみ履修可能
教科書
授業中に紹介する
参考資料
授業中に紹介する
連絡先
生物事務室(M棟703)
備考
| 1. | 授業を受ける際には，2時間の授業時間毎に2時間の予習と2時間の復習をしたうえで授業を受けることが，授業の理解と単位取得のために必要である． |
| 2. | 成績評価に対する平常点と試験の比率は50:50とする．平常点には講義への参加状況，演習への回答及びレポートの提出状況と内容を含み，試験は中間テストと最終試験の成績を含む． |